Gracias a esta herramienta, he podido averiguar cómo funcionan los add-ins de Visio por fin. Resulta que un add-in no es más que una dll COM normal, registrada en la máquina (que implemente cierta interfaz, pero eso ahora no importa).
Para que Visio sepa qué add-ins hay y demás hay una rama del registro concreta en la que se almacenan simplemente sus nombres, y la forma de carga. Ahí va un ejemplo:
[HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Visio\Addins\VisioAddIn.Connect]
"Description"="Cliente para Visio RPOS"
"FriendlyName"="Cliente Visio RPOS"
"LoadBehavior"=dword:00000003
La clave es el "LoadBehavior", que indica si deshabilitar o no el add-in. En nuestro caso necesitamos un 3.
